水肥一体化运行维护的关键首先是整个管道系统维持低的恒压，需要配置质量好的变频控制器、变频水泵，以维持整个灌溉系统稳定的压力供应。其次是整个滴灌系统防止堵塞问题，使用自清洁的压力补偿抗堵塞滴头，提高滴灌均匀度。

灌水器的堵塞是当前滴灌应用中最主要的问题，严重时会使整个系统无法正常工作，甚至报废。引起堵塞的原因可以是物理因素、生物因素或化学因素。如水中的泥沙、有机物质或是微生物以及化学沉凝物等。

因此，滴灌时水质要求较严，一般均应经过过滤，必要时还需经过沉淀和化学处理。需要进行多级过滤系统，保证每次灌溉前半小时滴灌后，再进行管道化施肥，施肥停止后，待管道液肥滴完后，需再进行半小时灌溉，确保肥清洗干净。灌溉水肥需适量，防止土壤盐分积累。

每年定期对蓄水池清污。每年秋季或春季采用0.2%柠檬酸溶液对滴灌管道进行清洗。冬季上冻前，及时排放所有灌溉管道系统的水，防止冬季管道冻裂。